Особенности бактериальной микрофлоры у больных новой коронавирусной инфекцией (СOVID-19), осложненной внебольничной пневмонией, в условиях стационара в Ставропольском крае | Афанасьев Н.Е., Батурин В.А.

Введение

Пандемия новой коронавирусной инфекции (COVID-19), без сомнения, явилась самым значительным вызовом для систем здравоохранения, с которым мир столкнулся за последние десятилетия. Смертность от COVID-19 достигла своего максимума в 2021 г. В последующий период она стала снижаться, но не без эпизодов повторного роста заболеваемости и летальности [1]. Во время пандемии COVID-19 был отмечен резкий рост заболеваемости внебольничной пневмонией (ВП), при этом, по данным научных исследований, частота присоединения бактериальной суперинфекции на фоне COVID-19 различалась и составила 0–54% [2–4]. Наблюдалась существенная вариативность в частоте использования антибактериальных препаратов (АБП) в разных странах в период пандемии с общей тенденцией к их избыточному назначению [5].

Практика эмпирического назначения антибиотиков, охватывающая до 90% госпитализированных пациентов с COVID-19, привела к распространению бактерий, устойчивых к АБП. Главной причиной избыточного назначения АБП стала в первую очередь боязнь упустить случаи вирусно-бактериальных поражений [6, 7].

На сегодняшний день мы имеем ясное понимание стадий и периодов COVID-19, а также тех целевых направлений, на которых должна сосредоточиться фармакотерапия. В периоде размножения вируса и возникновения первых симптомов обосновано применение противовирусных препаратов или моноклональных антител. В дальнейшем пациент либо выздоравливает, либо переходит в стадию поражения легких (гипериммунную стадию), что может привести к различным осложнениям, включая бактериальные инфекции, когда роль антибактериальной терапии становится очевидной и оправданной [8].

Выделение устойчивых штаммов возбудителей инфекций ассоциируется с более частой госпитализацией, более тяжелой клинической картиной, повышением вероятности неблагоприятного исхода и пролонгированным стационарным лечением [2].

Цель исследования: аналитический обзор данных об этиологической структуре патогенных микроорганизмов у больных СOVID-19, осложненной ВП, получавших лечение в стационаре Ставропольского края, с учетом стратегии антибактериальной фармакотерапии.

Материал и методы

Для анализа отобраны истории болезни 1402 пациентов, госпитализированных в инфекционный стационар ГБУЗ СК ГКБ № 3 г. Ставрополя в период с января 2021 г. по март 2022 г. У всех пациентов диа­гностирована COVID-19, осложненная полисегментарной ВП средней и тяжелой степени. Диагноз подтвержден выявлением РНК SARS-CoV-2 методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) на амбулаторно-поликлиническом этапе. Для проведения исследования все пациенты были сгруппированы по возрасту: группа I включала лиц от 18 до 59 лет, а группа II — пациентов в возрасте 60 лет и старше.

Микробиологическое исследование мокроты проведено в ООО «ЦКФФ» г. Ставрополя. Работы с патологическим биоматериалом, включающие его получение, сбор и транспортировку, были выполнены в строгом соответствии с действующими нормативными документами. Бактериологическое исследование мокроты осуществляли путем серийных разведений до достижения титра микробных клеток 10-7, после чего проводили посев на селективные и дифференциально-диа­гностические питательные среды, способствующие росту наиболее распространенных бактериальных патогенов. Для выделения и идентификации микроорганизмов, предъявляющих повышенные требования к питательной среде и условиям культивирования (например, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus spp. и другие виды стрептококков), применяли специализированные среды: агар, содержащий 5% дефибринированной бараньей крови и 3,5% лошадиной сыворотки, а также шоколадный агар с инкубацией в условиях повышенной концентрации углекислого газа (СО₂-инкубатор).

Для определения антибиотикограммы применяли диско-диффузионный метод на среде Мюллера — Хинтона (HiMedia, Индия) и другие валидированные методики^[1],^[2],^[3],^[4],^[5],^[6]. У всех выделенных культур изучена чувствительность к АБП следующих классов: комбинированные пенициллины, цефалоспорины, карбапенемы, гликопептиды, рифампицин, аминогликозиды, макролиды, сульфаниламиды, линкозамиды, фторхинолоны, тетрациклины, хлорамфеникол, а также к противогрибковым препаратам.

Для статистической обработки данных использовали методы параметрической и непараметрической статистики, реализованные в пакете программы Excel для Windows XP (Microsoft, США). Качественные переменные описывали абсолютными и относительными (выраженными в процентах) значениями, для количественных переменных определяли среднее арифметическое. Для оценки достоверности различий в связанных выборках применяли критерий Фишера. Различия в показателях считали статистически значимыми при p≤0,05.

Результаты исследования

Эмпирически антибиотики широкого спектра действия были назначены 1292 (92%) пациентам с первого дня стационарного лечения.

Всего на бактериалогическое исследование направлено 175 (12,5%) образцов биоматериала. Обнаружено, что микроорганизмы присутствовали в 131 (64%) из исследованных образцов мокроты. Виды выделенных микроорганизмов и частота их встречаемости в исследуемых группах представлены в таблице.

Одновременный рост нескольких видов микроорганизмов был обнаружен в 7,6% (10 из 131) исследованных биопроб. Самой распространенной комбинацией была E. faecalis и S. pneumoniae (n=4). Реже встречались ассоциации P. aeruginosa с E. faecalis (n=2) и C. albicans с Acinetobacter baumannii (n=2). В двух случаях были выявлены ассоциации трех микроорганизмов: K. pneumoniae, S. aureus, S. pneumoniae и E. faecalis, P. aeruginosa, E. coli.

Анализ чувствительности к АБП показал следующую картину: грамположительные микроорганизмы оказались устойчивы к фторхинолонам (левофлоксацину, моксифлоксацину, офлоксацину и ципрофлоксацину), макролидам (эритромицину), линкозамидам (клиндамицину), тетрациклинам (левомицетину) и сульфаниламидам (бисептолу).

Для грамотрицательных бактерий была отмечена невосприимчивость к цефалоспоринам (цефтазидиму), аминогликозидам (амикацину), пенициллинам (амоксиклаву), карбапенемам, фторхинолонам (левофлоксацину, моксифлоксацину, офлоксацину, ципрофлоксацину) и сульфаниламидам (бисептолу).

Обсуждение

Последние научные публикации, в которых были проанализированы результаты лабораторных исследований пациентов с ВП, ассоциированными с COVID-19, указывают на наличие коинфекций. Среди выявленных патогенов часто встречались S. pneumoniae, S. aureus, P. аeruginosa, H. influenzae, K. pneumoniae, A. baumannii и C. albicans. Именно поэтому возникает настоятельная необходимость уделять внимание не только диа­гностике COVID-19, но и выявлению других патогенов для оптимизации тактики лечения и улучшения исходов заболевания [9–11].

По результатам нашего исследования, из 175 образцов биоматериала, предоставленного в бактериологическую лабораторию, в 131 (64%) пробе были определены микроорганизмы. В пробах наиболее часто выявлялись бактерии рода Streptococcus. В старшей возрастной группе наблюдалась статистически значимая тенденция к более частому выделению патогенных микроорганизмов, в частности K. pneumoniae и P. аeruginosa, по сравнению с группой лиц моложе 59 лет. В то же время в этой группе чаще выделялись бактерии Enterococcus spp. и коагулазонегативные стафилококки. Среди всех случаев выявления роста микрофлоры в 7,6% случаев был показан ассоциативный рост микроорганизмов. В 39 биопробах патогенная микрофлора не выявлена, что может быть обусловлено приемом АБП до начала сбора материала на исследование. Можно предположить, что выделение культур грибов рода Candida (10,7%) у довольно значительного количества обследованных пациентов старше 60 лет обусловлено также предшествующим приемом антибиотиков.

Здравоохранение во всем мире бьет тревогу: клинически значимые бактерии, в том числе те, что вызывают респираторные инфекции, демонстрируют растущую устойчивость к АБП, что ставит под угрозу эффективность лечения [12, 13]. Данные российских исследователей свидетельствуют о серьезной проблеме: в 2020 г. наблюдался значительный рост антибиотикорезистентности. У K. pneumoniae устойчивость к цефалоспоринам III поколения и карбапенемам увеличилась на 40%, что привело к снижению эффективности лечения инфекций, вызванных этой бактерией. Кроме того, отмечено увеличение устойчивости этой бактерии к тигециклину на 7%. Acinetobacter baumannii продемонстрировала мультирезистентность, сохранив чувствительность лишь к колистину и тигециклину [14–19].

Исследование продемонстрировало, что грамположительные возбудители, в частности Streptococcus spp., S. pneumoniae, S. aureus и E. faecalis, обладают высокой устойчивостью к антибиотикам различных групп, включая фторхинолоны, макролиды, линкозамиды, тетрациклины и сульфаниламиды. Грамотрицательная микрофлора (E. coli, K. pneumoniae, Pseudomonas spp., Acinetobacter spp.) также демонстрирует резистентность к цефалоспоринам, аминогликозидам, пенициллинам, карбапенемам, фторхинолонам и сульфаниламидам.

Как показывают результаты отдельных исследований и систематические обзоры, в стационарах в период пандемии COVID-19 наблюдалась чрезвычайно высокая частота назначения АБП, вплоть до 90–100%. В основном это были препараты широкого спектра действия, назначаемые эмпирически, зачастую еще до верификации COVID-19 [20, 21]. В рамках нашего исследования в выборке пациентов, поступивших на стационарное лечение, в 92% случаев (1292 человека) с первого дня было инициировано эмпирическое применение антибиотиков широкого спектра действия. При этом среди 1402 пациентов, у которых был выявлен SARS-CoV-2 и которые столкнулись с бактериальным осложнением, только в 12,5% случаев было проведено бактериологическое исследование биоматериала. Именно поэтому особенно актуальна необходимость микробиологического мониторинга пациентов в динамике инфекционного заболевания. Данный подход обеспечивает идентификацию этиологического агента, оценку его чувствительности к АБП и, как результат, выбор наиболее рациональной терапевтической стратегии.

Выводы

Среди 1402 пациентов с обнаруженным с помощью ПЦР РНК SARS-CoV-2 и ВП лишь у 175 (12,5%) пациентов биоматериал был направлен на бактериологическое исследование.

С первого дня госпитализации лечение антибиотиками широкого спектра действия было назначено эмпирически (без обоснованных показаний) в 92% случаев (1292 пациента).

Грамположительные кокки, преимущественно бактерии Streptococcus spp., составляли основную часть микробиоты у пациентов с ВП средней и тяжелой степени, ассоциированной с SARS-CoV-2.

Исследование показало, что грамположительные бактерии в большинстве случаев были устойчивы к применению фторхинолонов, макролидов, линкозамидов, тетрациклинов и сульфаниламидов.

Грамотрицательные бактерии, принадлежащие к семейству Enterobacteriaceae, и другие грамотрицательные неферментирующие микроорганизмы, оказались устойчивы к цефалоспоринам, аминогликозидам, пенициллинам, карбапенемам, фторхинолонам и сульфаниламидам.

В условиях пандемии нерациональная антибактериальная терапия является фактором, способствующим селекции резистентных штаммов этиологически значимых микроорганизмов. Данная ситуация диктует необходимость обязательного бактериологического исследования у всех пациентов, госпитализируемых в стационар.

^[1]    МУК 4.2.3115-13 Лабораторная диа­гностика внебольничных пневмоний. (Электронный ресурс.) URL: https://www.rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=5232 (дата обращения: 15.11.2025).

^[2]    МР 4.2.0114-16 Лабораторная диа­гностика внебольничной пневмонии пневмококковой этиологии. (Электронный ресурс.) URL: https://www.rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=9036 (дата обращения: 15.11.2025).

^[3]    СП 3.1.3597-20 «Профилактика новой коронавирусной инфекции (COVID-19)». (Электронный ресурс.) URL: https://www.rospotrebnadzor.ru/files/news/0001202005270006.pdf (дата обращения: 15.11.2025).

^[4]    Приказ Министерства здравоохранения СССР от 22.04.1985 № 535 «Об унификации бактериологических (микробиологических) методов исследования, применяемых в клинико-диа­гностических лабораториях лечебно-профилактических учреждений».

^[5]    МУК 4.2.1890-04 Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. (Электронный ресурс.) URL: https://www.rospotrebnadzor.ru/documents/details.php?ELEMENT_ID=4957 (дата обращения: 15.11.2025).

^[6]    Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам. Клинические рекомендации. (Электронный ресурс.) URL: https://ординаторская.онлайн/upload/opred_chuvstv.pdf (дата обращения: 15.11.2025).